Moderhinke
Falls bereits beim Alpabtrieb von Schafen Anzeichen von Moderhinke beobachtet werden oder sich auf der Alp eine Moderhinke-Infektion ereignet hat, sollte die Sanierung unmittelbar nach Ankunft auf dem Heimbetrieb beginnen. Bis zum Nachweis der Moderhinke-Freiheit mittels Tupferproben dürfen diese Tiere keinen Kontakt zu den übrigen Schafen haben.
Auch wenn keine Anzeichen von Moderhinke vorhanden sind, empfiehlt es sich, die zurückgekehrten Schafe separat zu halten. Ein einmaliges Klauenbad zu Beginn der Quarantäne kann an den Klauen haftende Moderhinke-Erreger abtöten, zum Beispiel nach dem Transport in einem nicht fachgerecht gereinigten und desinfizierten Transportfahrzeug. Frühestens zehn Tage nach dem Klauenbad werden die Schafe mittels Tupferproben kontrolliert und nach einem negativen Resultat in die übrige, Moderhinke-freie Herde integriert.
Innere Parasiten
Bedingt durch die grossen Flächen und die ungünstigen Entwicklungsbedingungen für Magen-Darm-Würmer wirkt sich eine Sömmerung grundsätzlich positiv auf die Verwurmumg bei Schafen und Ziegen aus. Werden die Tiere jedoch auf kleinen Flächen eingezäunt (Nachtpferch), zum Beispiel aufgrund der Präsenz von Grossraubtieren, besteht die Gefahr, dass sich auf diesen Flächen ein hoher Wurmdruck aufbauen kann. Die Tiere können sich dort mit Würmern infizieren, welche eine Wurm-mittel-Resistenz aufweisen. Damit sich diese Resistenz nicht auf dem Heimbetrieb ausbreitet, sollten die Tiere falls nötig noch während der Quarantäne entwurmt und die Wirksamkeit der Behandlung durch eine Kotprobe überprüft werden.
Räude
Obwohl eine Räudebehandlung vor Alpauftrieb nach wie vor üblich ist, lohnt es sich, die Tiere nach der Alpung während der Quarantäne auf mögliche räudebedingte Veränderungen hin zu beobachten. Im Zweifelsfall kann mittels eines Hautgeschabsels (Gewebeprobe der veränderten Hautstelle) durch den Tierarzt der Befall mit Räudemilben diagnostiziert werden.
Abszesse
Werden während der Quarantäne Abszesse beobachtet, sollte deren Ursache genau abgeklärt werden. Wird zum Beispiel ein mit Pseudotuberkulose infiziertes Tier noch während der Quarantäne ausgemerzt, so kann eine Verschleppung des Erregers verhindert werden.
Lippengrind
Die Diagnose von Lippengrind lässt sich anhand der typischen Veränderungen leicht stellen. Auch hier gilt: Befallene Tiere erst nach Abheilung aus der Quarantäne entlassen. Die lokale Anwendung von jodhaltigen Präparaten kann den Heilungsprozess beschleunigen.
Gämsblindheit
Oftmals erkranken Schafe und Ziegen schon zu Beginn der Sömmerung an Gämsblindheit, sodass die Augenveränderungen beim Alpabtrieb meist abgeklungen sind. Trotzdem können diese Tiere noch eine Ansteckungsquelle darstellen. Da eine vollständige Elimination des Erregers kaum möglich ist, muss nach dem Eingliedern gut darauf geachtet werden, ob bei den übrigen Tieren Symptome einer Augenentzündung auftreten. Diese sollten dann zeitnah behandelt werden.